在日本，FBA的費用一般分為兩種：基本費用和服務費?；举M用是必須支付的，服務費則由賣方選擇收取。
普通的日本FBA基本費用是：頭程運輸費、貨物定單管理費、倉儲費和送貨費。如需額外服務，如中轉服務，則需支付一定的中轉費;需要貼標費等貼標服務，也有不少相應的附加費用。
1.日本亞馬遜頭程運費
賣方將貨物從國內運輸到日本的日本FBA所需的運輸費用，海運到日本的成本將更低。
2.日本亞馬遜月倉儲費
一月至九月，標準尺寸每立方英尺$0.69;大件貨物每立方英尺0.48美元。十月至十二月，每立方英尺2.40美元的標準尺寸;大件貨物每立方英尺1.20美元。由于10-12月是亞馬遜平臺的旺季，因此，月存儲成本將更高。
3.日本亞馬遜長期倉儲費用
亞馬遜物流長期倉儲費：每月15日，亞馬遜物流(FBA)將進行存貨盤點。截止日期，亞馬遜將對存放在美國運營中心超過365天的庫存量(LTSF)收取每立方英尺6.90美元的長期儲存費(LTSF)，或每件收取長期儲存費0.15美元(以較大金額為準)。
4.日本亞馬遜貨物倉儲費用
在日本存入貨物的費用，一般是根據所占用的貨物體積和重量來計算。
5.日本亞馬遜產品定單管理
日本FBA人員負責產品的輸入、運輸、包裝和貨物管理等費用。
6.日本亞馬遜送貨費
目前日本大多數FBA都會提供代發服務，所以會產生產品派送費，具體以日本FBA派送方式為準。
