日本海外倉報關的流程和手續相對復雜，以下是詳細的介紹：

一、報關前準備

1、確認船舶信息：

包括提單號和航海號，這些信息通常會在船舶出港后收到的提單上找到。

通過提單號向日本當地的代理店或者船東公司確認船舶是否有延誤。

2、收到到港通知：

船舶即將入港的前1到2天內，日本的代理會發行到港通知（A/N）。

收到A/N后，請務必檢查發貨人、收貨人、提單號、貨物信息是否與提單信息一致，如不一致需請代理修改，否則無法清關。

3、準備清關文件：

基本資料：進口發票、裝箱單、提單、到港通知單、合同（必要時需提供）、匯款記錄（必要時需提供）。

特殊文件：如涉及減免關稅或進口限制，需根據日本要求提供原產地證書；某些商品可能需要額外的許可證或認證文件，如食品進口許可證、動植物檢疫證明等。

其他資料：進口商的法人番號、提交給報關行的委任書。如有樣品或贈送品，一定要在箱單發票中標注，并填寫單價。

二、報關流程

1、貨物搬入保稅區：

從海外到達日本的貨物，首先要搬入碼頭的保稅區。保稅區是暫時存放外國貨物的地方，關稅、消費稅等可以暫不支付，也是進行清關手續的地方。

船?？扛劭诘牡诙?，碼頭工作人員會將集裝箱信息錄入NACCS系統，俗稱“搬入”。有了“搬入”信息之后，報關行方可進行申報。

2、進口申報：

外國貨物搬入保稅區后，進口商需將準備好的清關文件提交給稅關進行申報。

現在的報關行通常是電子申報，即利用進出口港灣情報處理系統（NACCS）來進行申報。一般的進口商都是委托報關行通過NACCS系統來進行申報手續的。

3、稅關審查及查驗：

稅關對申報文件先進行書類審查。

必要時會采取大型X線檢查或在稅關指定檢查地進行產品檢查。進口動植物及其制品、食品等還需檢疫和防疫部門的檢查。

4、繳納關稅和費用：

進口貨物需支付關稅及消費稅等。稅關審查通過后，進口商需繳納關稅和其他相關費用，包括日本海外倉管理費和報關費等。

5、取得進口許可：

進口商支付關稅及消費稅等稅款后，稅關會發行進口許可。

通過NACCS系統進行電子申報時，稅關會通過報關系統進行末端發送，報關行即可收到許可書，將其印刷后交付給進口商。

三、提貨與派送

1、提貨申請：

進口商拿到進口許可后，即可向保稅區或倉庫申請提貨。

如果是集裝箱貨物，需要按到港通知單的費用付給船運公司，并向碼頭申請提箱預約。如果是拼柜貨物，則需付費給船運公司，并向保稅倉庫遞交提貨申請。

2、提貨手續：

提貨時需要提交進口許可書或到港通知等相關文件。

拼柜貨物在提貨當天可能還需現金支付提貨手續費（如1300日元等）。

3、貨物派送：

貨物從保稅區或倉庫提出后，即可按照日本國內的物流流程進行派送。

日本海外倉報關的流程包括報關前準備、報關流程以及提貨與派送三個階段。在整個報關過程中，需準備充分的清關文件、繳納相關稅費，并遵守日本的進口法規。同時，與可靠的報關行和物流公司合作也是確保報關順利進行的關鍵。