日本FBA專線海運整柜貨與拼箱貨的區別主要體現在以下幾個方面：
1、裝拆箱的主體不同
整柜貨多數是由托運人裝箱點數并加封后搬進一個集裝箱場，到目的港的集裝箱場交給收貨人。其拆箱一般也是由收貨人自行辦理。拼箱貨則大多由CFS裝箱，到達目的地后，也是由CFS拆箱取出貨物后再分別交給各收貨人。
2、承運人的責任承擔不同
對整柜貨而言，承運人對整柜貨是以箱作為交接單位，只要集裝箱外表與收箱時相似，并鉛封完整，承運人就完成了承運責任。承運人并不負責箱內貨物的貨損貨差。因此整柜貨運輸的提單上，通常都要加上“托運人裝箱點數并加鉛封”的條款。拼箱貨則與之不同。
3、運費標準不同
因為整柜貨運輸減少了船公司的手續，故某些航運公會對整柜貨運輸會有運費折扣。而拼箱貨，通常航運公會要收取一定的集裝箱貨運站服務費。有一些海運公司的運輸表中規定，對于拼箱貨使用集裝箱的容積有一個最低限度，裝載量不得低于這一限度，如裝載數量低于這一最低限度，托運人也必須按這一最低限度的裝載量付費(未被使用的也需付費)，并通常按箱內貨物最高運費率計收。
