1.選擇范圍的差異：
亞馬遜日本FBA倉庫對所選產品的尺寸、重量和品類有一定的限制，選擇體積小、利潤高、質量好的產品；第三方海外倉比日本FBA倉的選擇范圍更廣，也適用于體積和重量較大的產品。
2.頭程服務的差異：
亞馬遜日本FBA倉庫不會向賣方提供首次清關服務；第三方海外倉儲服務商會將為賣家提供第一時間的通關服務，甚至包括納稅和送貨到倉庫的一站式服務。
3.產品入庫前要求的差異
亞馬遜的日本FBA倉庫有嚴格的倉儲要求。賣方須在裝運前附上外箱標簽和產品標簽。若外箱或產品標簽損壞，賣方需在進入日本FBA倉庫前進行整理。亞馬遜不提供產品組裝服務；第三方海外倉庫的倉儲要求沒有亞馬遜日本FBA倉庫嚴格。
4.入庫后產品分布差異
默認情況下，亞馬遜的倉庫是分開的，賣家的產品經常被分配到不同的倉庫進行混合存儲；第三方海外倉庫一般將貨物放在同一倉庫集中管理。
